Nesse caso dá pra separar a situação em algumas frentes, mas o processo de regularização em si corre normalmente, mesmo ela estando irregular desde 2023. O desenquadramento do MEI em 31/12/2023 significa que, a partir de 01/01/2024, essa empresa deixou de ser MEI e passou automaticamente à condição de microempresa, só que ela não regularizou isso na prática. O fato de ter continuado emitindo nota pelo portal do MEI em 2024 e 2025 é uma irregularidade operacional, mas não impede a legalização agora.
Para que ela volte a emitir nota fiscal corretamente, sim, será necessário atualizar a situação cadastral na Junta Comercial, caso o desenquadramento não tenha sido refletido lá. Em muitos casos, o CNPJ já está como ME, mas sem enquadramento tributário válido por conta da exclusão do Simples. A atualização cadastral e o reenquadramento societário seguem o trâmite normal, não existe um “bloqueio” por ela estar irregular desde 2023. O que muda é que tudo isso virá acompanhado de regularização fiscal.
Sobre as notas emitidas nesse período, apesar de terem sido emitidas pelo portal do MEI, elas não deixam de ser receitas da empresa. Na prática, essas notas precisam ser tratadas como faturamento da microempresa e sim, devem ser declaradas no PGDAS-D, respeitando o regime em que ela deveria estar enquadrada em cada período. Se ela ainda estivesse apta ao Simples Nacional naquele momento, os valores entram normalmente no PGDAS-D, mesmo que a emissão tenha ocorrido por um sistema inadequado.
Quanto às multas, existe sim risco de penalidade, mas é importante alinhar a expectativa. A Receita normalmente não multa especificamente “por emitir nota como MEI”, e sim pelas consequências disso: falta de recolhimento correto de tributos, omissão de declarações e uso indevido de regime simplificado. As multas mais comuns são por atraso ou ausência de PGDAS-D, eventual diferença de imposto apurado e, se for o caso, multas por obrigações acessórias não entregues. Não é automático que haja uma multa isolada só pelo uso do portal do MEI, mas isso pode ser questionado em uma fiscalização, principalmente se houver diferença de carga tributária.
Em resumo, o caminho é regularizar o cadastro na Junta, verificar a situação do CNPJ na Receita, reenquadrar corretamente o regime tributário, declarar todo o faturamento real no PGDAS-D e regularizar as pendências que levaram à exclusão do Simples. A legalização segue normalmente, mas é importante já preparar o cliente para possíveis ajustes de imposto e eventuais multas por atraso, não por “má-fé”, mas por descumprimento formal do regime correto.
